АО «Иркутскгеофизика» ведет свою историю с 1949 года  и является одним изкрупнейших специализированных предприятий по геофизическим и геологическим исследованиям в Восточной Сибири и Дальнем Востоке России. На протяжении 65 лет Иркутскгеофизика выполняет широкий комплекс геофизических работ попоискам нефти и газа, твердых полезных ископаемых, гидрогеологические, прогнозно-поисковые работы, геодинамический, гидрогеологический и экологический мониторинг. 

За свою историю компания провела множество  успешных исследований в отношении  перспектив нефтегазоносности юга  Сибирской платформы в уникальных геологических и географических условиях региона. На изученных площадях открыто 11 нефтяных и газовых месторождений, в частности такие крупнейшие как Ковыктинское газоконденсатное и Верхнечонское нефтегазовое месторождения. Открыто Сухоложское золоторудное месторождение, саянская группа редкоземельных и полиметаллических месторождений, Непский калиеносный бассейн  и другие.
На предприятии работает большой коллектив геофизиков и геологов с многолетним опытом работы в Иркутской области и за ее пределами. Иркутскгеофизика располагает производственными базами в Иркутске, Бодайбо, Братске, Усть-Куте, Жигалово, Мальте, Осе и сетью полевых подбаз, развертываемых непосредственно на площадях исследований. В 2006 году в состав предприятия включены подразделения, ранее входившие в состав предприятий Иркутскгеология и ВостСибНИИГГиМС. 

Согласно официальным документам своё начало «Иркутскгеофизика» ведет от Восточной геофизической экспедиции, которая была создана в Иркутске в составе Главгеофизики Министерства геологии СССР по приказу Министерства от 11.12.1947 г. №452. Возглавляли экспедицию Николай Михайлович Сапрыкин, Валерий Владимирович Кучук и Леонтий Арефьевич Синявский. В соответствии с постановлением Совета министров СССР от 25.06.1949 г. №2708 «О структуре Министерства геологии» и приказом Министерства от 28.06.1949 г. №248з на базе Восточной геофизической экспедиции был организован Союзный Восточный геофизический трест (1949-1955).

В 1953 г., в связи с упразднением Министерства геологии СССР, трест с подразделениями нефтяного профиля был передан в непосредственное подчинение Главнефтегеофизике Министерства нефтяной промышленности (МНП) СССР. 

В 1955 г. трест переименован в контору «Востсибнефтегеофизика» с прежним подчинением МНП СССР.

В связи с очередной реорганизацией геологической службы страны, по приказу Глав-геологии РСФСР от 20.08.1957 г. №4 по состоянию на 1 января 1957 г., а фактически с 1 сентября 1957 г. контора «Востсибнефтегеофизика» была подчинена Иркутскому геологическому управлению. В состав конторы была включена Восточно-Сибирская геофизическая экспедиция рудного профиля (пос. Мегет Иркутской обл.) Сибирского геофизического треста (г.Красноярск), который был упразднён.

С 1 февраля 1965 г. контора «Востсибнефтегеофизика» была выделена из состава Иркутского ТГУ в непосредственное подчинение Госгеолкома РСФСР (приказ от 30.01.1965 г. №48). По приказу Госгеолкома РСФСР от 01.04.1965 г. №149 на базе конторы был организован Восточный геофизический трест (1965-1979) с непосредственным подчинением Комитету, а в связи с преобразованием последнего (15.10.1965) - Министерству геологии РСФСР.

В связи с усилением нефтегазопоисковых работ в Восточной Сибири, на основании приказа Мингео СССР от 29.03.1979 г. №87 и приказа Мингео РСФСР от 06.08.1979 г. №476 на базе Восточного геофизического треста было создано Иркутское производственное геологическое объединение по геофизическим работам (ИГО «Иркутскгеофизика»).

С 15 ноября 1991 г. ИГО «Иркутскгеофизика» переименовано в Государственное геологическое предприятие (ГГП) «Иркутскгеофизика» по приказу Госкомитета РСФСР по геологии и использованию недр от 31.10.1991 г. №92.

В феврале 1998 г. ГГП «Иркутскгеофизика» переименовано в Государственное федеральное унитарное геологическое предприятие (ГФУГП) «Иркутскгеофизика» с непосредственным подчинением Министерству природных ресурсов Российской Федерации (МПР России) по приказу Министерства от 23.02.1998 г. №50.

В мае 2001 г. ГФУГП «Иркутскгеофизика» переименовано в Федеральное государственное унитарное геологическое предприятие по геофизическим работам (ФГУГП) «Иркутскгеофизика» (приказ МПР России от 16.05.2001 г. №422).

С мая 2006 г. организация получила новое название - Федеральное государственное унитарное научно-производственное геологическое предприятие (ФГУНПГП) «Иркутскгеофизика» (во исполнение распоряжения Правительства Российской Федерации от 01.10.2003 г. №1431-р, приказа Минприроды России от 23.10.2003 г. №950, распоряжения Министерства имущественных отношений РФ от 30.12.2003 г. №7355-р «О реорганизации ФГУГП «Иркутскгеофизика»). Это связано с серьёзными организационными преобразованиями иркутской геологии, а именно: ФГУГП «Иркутскгеология» (бывшее Иркутское территориальное геологическое управление, также неоднократно менявшее названия) и ФГУП «ВостСибНИИГГиМС» в результате реорганизации путем присоединения к ФГУНПГП «Иркутскгеофизика» ликвидированы как самостоятельные предприятия. ВостСибНИИГГиМС вошел в состав Иркутскгеофизики как обособленное структурное подразделение, а ликвидированная Иркутскгеология - своими геологическими экспедициями. Кроме того, была организована Иркутская геологическая экспедиция, которая включила в себя все подразделения, ранее напрямую подчинявшиеся Иркутскгеологии.

В декабре 2013 года «Иркутскгеофизика», после преобразования в ОАО,  вошла в состав государственного геологического холдинга «Росгеология».